В полеты «Аполлонов» не раз вплеталось нечто таинственное. «Аполлон-12» во время трех совершенных им оборотов вокруг Луны сопровождали два светящихся НЛО. Миссия «Аполлон-13» и вовсе оказалась неудачной. У Луны его стали преследовать таинственные огни. 13 апреля 1970 года на его борту неожиданно взорвался кислородный баллон, и астронавтам пришлось отказаться от прилунения в районе кратера Фра Мауро. Существует версия, что кислородный бак взорвал НЛО, не позволив американцам привезти на Луну атомную бомбу для сейсмических исследований. В результате этой аварии астронавтам лишь с большим трудом удалось выйти на околоземную орбиту и вернуться на родную планету. Миссия «Аполлон-15» наблюдала огромный НЛО, медленно летевший над поверхностью Луны. Наконец, командир корабля «Аполлон-16» Джон Янг обнаружил в лунной пыли аккуратную стеклянную призму, возраст которой оценивается в миллиарды лет.
Только в 80-е годы просочились сведения, что все астронавты, побывавшие на Луне, подвергались гипнозу. Официальная версия этого действия — помочь астронавтам четко вспомнить все, что происходило с ними в экспедиции. Реально же это проводилось с целью блокировать воспоминания, чтобы секретная информация даже случайно не стала известна общественности. Возможно по этой причине, либо из-за подписки о неразглашении сведений, первый американский астронавт Нил Армстронг прожил остаток своей жизни отшельником.
Второй человек, побывавший на поверхности Луны — Эдвин Олдрин, хотя и выступал на публичных мероприятиях, при, казалось совсем невинных вопросах о его ощущениях на Луне, вел себя довольно странно: в первом случае (выступление в клубе «Кивание») он впал в панику, в результате которой пришлось прервать его выступление, а во втором случае (интервью изданию Salon.com) рассвирепел, заявив, что ничего не помнит.
Третий астронавт, командир корабля «Аполлон-12» Ч. Конрад, также, как и его предшественник, не смог ответить на подобный вопрос, уходя от ответа непонятным восклицанием, что вопрос ему очень понравился.
Последний из астронавтов, побывавших на поверхности Луны Юджин Сернан, на своем выступлении по случаю 25-летия полета «Аполлона-11» эмоционально и с горечью сказал о том, что помнит только то, что ему позволено. А на встрече с президентом Бушем-младшим, слова президента, который призвал американцев совершить огромный технологический рывок и начать освоение соседних небесных тел, вызвали открытое недовольство Сернана.