В ритме штамма: что известно о лямбда-варианте коронавируса
Генетики оценили опасность мутаций южноамериканской версии SARS-CoV-2
Высокопатогенный лямбда-штамм коронавируса уже выявили в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Впервые этот вариант SARS-CoV-2 обнаружили перуанские ученые в августе 2020 года. С тех пор он значительно распространился по Южной Америке.
Ученые из этого региона пишут, что критическая ситуация в системе здравоохранения и рост смертности связаны с растущей распространенностью именно варианта лямбда. У этого штамма есть мутации в шипе коронавируса, которые обычно связывают с более эффективным проникновением в клетки и способностью «уходить» от антител.
Латиноамериканский мотив
В Россию недавно проникли штаммы коронавируса дельта и дельта плюс, которые специалисты оценили как более патогенные: для заражения COVID-19 нужно меньшее количество вирусных частиц. Такие варианты могли появиться только в месте, где много зараженных, — то есть вирус способен пройти эволюционный отбор на большом количестве болеющих людей. Такая ситуация наблюдается в Индии, которая сейчас на втором месте в мире по числу инфицированных.
Есть еще один огромный резервуар, где вирус может эффективно эволюционировать — Бразилия (на третьем месте по количеству зараженных) и другие страны Латинской Америки: Аргентина (8 место), Колумбия (10-е), Перу (18-е), Чили (22-е). В этом регионе возник штамм лямбда. ВОЗ присвоила такое название этому варианту коронавируса 15 июня. Организация обозначила этот штамм как Variants of Interest (VOI) — вызывающий интерес.
Вскоре ВОЗ может переквалифицировать этот его в вызывающий беспокойство (Variant of Concern, VOC), считают специалисты диагностической лаборатории SARS-CoV-2 клинической больницы Порту-Алегри (Риу-Гранди-ду-Сул, Бразилия). Об этом ученые написали в научной статье «Первое выявление варианта SARS-CoV-2 Lambda (C.37) в южной части Бразилии».
Сейчас этот штамм обнаружен уже в 26 странах мира, в том числе Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Это подтверждается и в статье перуанских ученых. Аргентинские ученые обращают внимание на абсолютную уникальность лямбды: «сочетание мутаций, характерных для варианта бета (южноафриканский штамм) и дельта (индийский штамм), не обнаружено».
Бразильские генетики обратили внимание на новую мутацию S-белка в этом варианте: Δ246-252. Ее опасность пока не оценена. Перуанские ученые также выражают беспокойство по поводу этой мутации. Они написали, что другие мутации в белке-шипе коронавируса связаны с распространенными инфекциями у пациентов с подавленным иммунитетом.
— Пока не представляется возможным сказать, к каким именно изменениям приведет эта мутация, — сказал руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков. — Но любая мутация в RBD-домене (рецептор-связывающий домен, который отвечает за соединение коронавируса с клеткой организма человека. — «Известия») обычно приводит к улучшению возможности проникновения в клетку и ускользания от антител. Но это еще требуется доказать с помощью дополнительных экспериментов.
Вооружен и очень опасен
Бразильские специалисты обратили внимание на способность лямбда-штамма более быстрому распространению и пониженной чувствительности к нейтрализации антителами. Это может значительно повлиять на эффективность стратегий борьбы с пандемией COVID-19, написали они.
Аргентинские специалисты описали ситуацию, когда у них на глазах андский вариант (как они называют лямбда-коронавирус) начал побеждать британский.
«На данный момент из в общей сложности 2238 образцов, проанализированных посредством активного наблюдения с помощью секвенирования Spike или всего генома, наиболее обнаруженными вариантами были линия C.37 (андский вариант)» сообщили ученые.
У штамма лямбда множество мутаций, сказал «Известиям» профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета Константин Крутовский.
— Для нового варианта лямбда характерна делеция в гене ORF1a — Δ3675-3677, приводящая к выпадению трех аминокислот. Этот ген кодирует несколько важных для вируса белков. Эта делеция присутствует также в альфа (британский вариант), бета (южно-африканский) и гамма (другой бразильский) штаммах с повышенной инфекционностью и классифицируемых ВОЗ как варианты, вызывающие озабоченность.
По словам Константина Крутовского, у штамма лямбда есть новая делеция Δ246-252, приводящая к выпадению семи аминокислот, и множественные значимые мутации в гене шипа. Последние вызывают замены аминокислот в шиповидном белке, ответственном за связывание вируса с рецепторами на поверхности клеток человека. Это в дополнение к 19 другим мутациям, подчеркнул эксперт. Изменения L452Q и F490S находятся в самом важном районе шиповидного белка — рецептор-связывающем домене (RBD). Кроме того, было показано, что мутация F490S связана с пониженной чувствительностью к нейтрализации антител.
Но пока неизвестно, является ли вариант лямбда более инфекционным или патогенным, чем другие штаммы, и способен ли он избегать действия доступных вакцин, отметил Константин Крутовский.
— Лямбды можно было бы опасаться, если бы не дельта. Их противоборство можно было бы увидеть, если есть страны, где представлен и тот, и другой вариант SARS-CoV-2. Судя по базе, эти штаммы встречаются в некоторых европейских странах. Но, если судить по тому, насколько быстро сейчас распространяется вариант дельта, он посильней, — высказал мнение Павел Волчков.
Все-таки лидером по производству новых штаммов остается Индия, хотя страны Южной Америки вполне могут с ней поконкурировать, заключил эксперт.
Анна Урманцева
Высокопатогенный лямбда-штамм коронавируса уже выявили в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Впервые этот вариант SARS-CoV-2 обнаружили перуанские ученые в августе 2020 года. С тех пор он значительно распространился по Южной Америке.
Ученые из этого региона пишут, что критическая ситуация в системе здравоохранения и рост смертности связаны с растущей распространенностью именно варианта лямбда. У этого штамма есть мутации в шипе коронавируса, которые обычно связывают с более эффективным проникновением в клетки и способностью «уходить» от антител.
Латиноамериканский мотив
В Россию недавно проникли штаммы коронавируса дельта и дельта плюс, которые специалисты оценили как более патогенные: для заражения COVID-19 нужно меньшее количество вирусных частиц. Такие варианты могли появиться только в месте, где много зараженных, — то есть вирус способен пройти эволюционный отбор на большом количестве болеющих людей. Такая ситуация наблюдается в Индии, которая сейчас на втором месте в мире по числу инфицированных.
Есть еще один огромный резервуар, где вирус может эффективно эволюционировать — Бразилия (на третьем месте по количеству зараженных) и другие страны Латинской Америки: Аргентина (8 место), Колумбия (10-е), Перу (18-е), Чили (22-е). В этом регионе возник штамм лямбда. ВОЗ присвоила такое название этому варианту коронавируса 15 июня. Организация обозначила этот штамм как Variants of Interest (VOI) — вызывающий интерес.
Вскоре ВОЗ может переквалифицировать этот его в вызывающий беспокойство (Variant of Concern, VOC), считают специалисты диагностической лаборатории SARS-CoV-2 клинической больницы Порту-Алегри (Риу-Гранди-ду-Сул, Бразилия). Об этом ученые написали в научной статье «Первое выявление варианта SARS-CoV-2 Lambda (C.37) в южной части Бразилии».
Сейчас этот штамм обнаружен уже в 26 странах мира, в том числе Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Это подтверждается и в статье перуанских ученых. Аргентинские ученые обращают внимание на абсолютную уникальность лямбды: «сочетание мутаций, характерных для варианта бета (южноафриканский штамм) и дельта (индийский штамм), не обнаружено».
Бразильские генетики обратили внимание на новую мутацию S-белка в этом варианте: Δ246-252. Ее опасность пока не оценена. Перуанские ученые также выражают беспокойство по поводу этой мутации. Они написали, что другие мутации в белке-шипе коронавируса связаны с распространенными инфекциями у пациентов с подавленным иммунитетом.
— Пока не представляется возможным сказать, к каким именно изменениям приведет эта мутация, — сказал руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков. — Но любая мутация в RBD-домене (рецептор-связывающий домен, который отвечает за соединение коронавируса с клеткой организма человека. — «Известия») обычно приводит к улучшению возможности проникновения в клетку и ускользания от антител. Но это еще требуется доказать с помощью дополнительных экспериментов.
Вооружен и очень опасен
Бразильские специалисты обратили внимание на способность лямбда-штамма более быстрому распространению и пониженной чувствительности к нейтрализации антителами. Это может значительно повлиять на эффективность стратегий борьбы с пандемией COVID-19, написали они.
Аргентинские специалисты описали ситуацию, когда у них на глазах андский вариант (как они называют лямбда-коронавирус) начал побеждать британский.
«На данный момент из в общей сложности 2238 образцов, проанализированных посредством активного наблюдения с помощью секвенирования Spike или всего генома, наиболее обнаруженными вариантами были линия C.37 (андский вариант)» сообщили ученые.
У штамма лямбда множество мутаций, сказал «Известиям» профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета Константин Крутовский.
— Для нового варианта лямбда характерна делеция в гене ORF1a — Δ3675-3677, приводящая к выпадению трех аминокислот. Этот ген кодирует несколько важных для вируса белков. Эта делеция присутствует также в альфа (британский вариант), бета (южно-африканский) и гамма (другой бразильский) штаммах с повышенной инфекционностью и классифицируемых ВОЗ как варианты, вызывающие озабоченность.
По словам Константина Крутовского, у штамма лямбда есть новая делеция Δ246-252, приводящая к выпадению семи аминокислот, и множественные значимые мутации в гене шипа. Последние вызывают замены аминокислот в шиповидном белке, ответственном за связывание вируса с рецепторами на поверхности клеток человека. Это в дополнение к 19 другим мутациям, подчеркнул эксперт. Изменения L452Q и F490S находятся в самом важном районе шиповидного белка — рецептор-связывающем домене (RBD). Кроме того, было показано, что мутация F490S связана с пониженной чувствительностью к нейтрализации антител.
Но пока неизвестно, является ли вариант лямбда более инфекционным или патогенным, чем другие штаммы, и способен ли он избегать действия доступных вакцин, отметил Константин Крутовский.
— Лямбды можно было бы опасаться, если бы не дельта. Их противоборство можно было бы увидеть, если есть страны, где представлен и тот, и другой вариант SARS-CoV-2. Судя по базе, эти штаммы встречаются в некоторых европейских странах. Но, если судить по тому, насколько быстро сейчас распространяется вариант дельта, он посильней, — высказал мнение Павел Волчков.
Все-таки лидером по производству новых штаммов остается Индия, хотя страны Южной Америки вполне могут с ней поконкурировать, заключил эксперт.
Анна Урманцева
Новостной сайт E-News.su | E-News.pro. Используя материалы, размещайте обратную ссылку.
Если заметили ошибку, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter
